灵谷寺内的玄奘顶骨舍利子，是在宋太祖年间迎回南京的，一度不知所终。1942年11月初，侵华日军在大报恩寺遗址三藏殿后施工时，发掘出一石函，根据石函上宋明两朝所刻说明文字及其他文物印证，才确认石函中正是玄奘法师顶骨舍利。