大殿是整个禹庙建筑群的最高建筑物，曾于1929年倒塌，现存大殿为1932年动工重建，1933年竣工。殿内大禹塑像高6米，头戴冕旒，手执玉圭，身披朱雀双龙华衮，雍容大度，令人望而起敬。殿内还陈列了鼓、磬等祭禹礼器。大殿的层脊，有康熙皇帝所题“地平天成”四字。