净居寺始建于唐贞观三年(公元六二九年)，南宋高僧行机重建。明、清僧人义方、妙湛和石奇、湛庵相继在此居住。清顺治十二年(公元一六五五年)，山寇占踞为寨。顺治十五年(公元一六五八年)，清兵围剿山寇，净居寺毁。当今所见的净居寺是近些年在废墟上重建的。