十三碑亭始建于唐代，元代添建二座，清代添建九座，亭内存有唐至民国碑刻50馀块，碑文多是皇帝对孔子追谥加封、拜庙新祭、派官致祭和整修庙宇的记录，由汉文、八思巴文（元代蒙古文）、满文等文字刻写。