大堂的东西两侧设有六个办事机构，简称六厅。它们按照朝廷的六部（吏部、礼部、工部、户部、兵部、刑部）而设立，是在明代“四科”（管勾、司乐、百户、典籍）的基础上发展而来，分别是管勾厅、百户厅、典籍厅、司乐厅、知印厅及掌书厅，具体管理着孔府日常事务。