百济博物馆共分为三个展区：第一展览室——史前首尔，从“文明的源”和“百济黎明”为切入点，介绍人类文明初期在首尔出现的史前文化面貌；第二展览室——百济的王朝，首尔，以百济的建国、百济的成长、百济人的生活、百济的对外交流为脉络；第三展览室——三国的角逐，介绍首尔和汉江流域发生的围绕三国的激烈角战。